L'histoire se déroule à Manhattan, autour de l'inspectrice de police dans la NYPD Aya Brea, et d'une chanteuse d'opéra Melissa Pearce, qui s'est transformée en un monstre. La représentation des mitochondries au sein du jeu, sont plus artistiques que réalistes.

La base du scénario tourne autour des mitochondries mutantes présentes dans le corps de Pearce, qui ont atteint un niveau de développement suffisant pour contrôler son corps, modifier ses cellules. Elle a alors un corps différent et des attributs non-humains comme la possibilité de voler. Elle n'est alors plus Pearce mais Eve. Les mitochondries mutantes s'échappent de son corps afin de contaminer des centaines d'autres êtres, humains et animaux, qui sèment alors la terreur.

Une des caractéristiques de ces mitochondries mutantes et qu'elles peuvent produire d'énormes quantités d'énergie, jusqu'à provoquer des combustions humaines spontanées. Pour des raisons révélées plus tard dans le jeu, Aya est immunisée contre les pouvoirs de Eve, elle essaye donc par tous les moyens de la combattre...
Sortie le 31 Août aux USA sur PS1.