Kimihiro Watanuki, lycéen, a depuis toujours la capacité de voir les esprits. Constamment piétiné ou bousculé par des ectoplasmes, il souhaite se débarrasser de ce don gênant.

Un jour qu’il était pourchassé par l’un d’eux, Kimihiro entre par mégarde dans une étrange maison, coincée entre deux immeubles. C'est dans cette demeure singulière qu’il rencontre Yūko Ichihara, qui se révèle être en mesure de lui retirer ce don qu’il déteste tant. Mais chez Yūko, tout a un prix. Kimihiro va devoir aider la mystérieuse voyante dans son « commerce de vœux », jusqu’à ce que la somme de son travail atteigne une valeur équivalente à son vœu. À travers ce petit job, il rencontrera nombre de personnes, et d’esprits, qu’il verra évoluer selon la politique de vente un peu particulière de Yūko.

xxxHOLiC est un manga à la fois humoristique et sombre. En effet, si certains personnages sont amusants (Yūko, notamment, qui est très particulière), l’histoire peut par moment emprunter un ton bien plus grave.