Imaginez qu'il existe des êtres vivants qui sont à la base de l'existence même et que ces êtres vivants ne peuvent être vus que par certains humains. Ils peuvent prendre toutes les formes possibles et peuvent entrer en contact avec les humains pour leur nuire ou pour leur garantir des pouvoirs surnaturels. Ces bestioles s'appellent les Mushi et certains hommes qui parviennent à les distinguer essaient de les étudier: on les appelle les Mushishi. C'est le cas de Ginko qui voyage à travers le Japon pour dépanner certaines personnes qui entrent en contact avec ces Mushi qui leur posent problème.