Lors d'une visite scolaire dans la Tour de Tōkyō, Hikaru, Fuu et Umi, collégiennes de quatorze ans, se retrouvent soudainement dans un monde mystérieux.

Ce monde de Céphiro, dans lequel tout est déterminé par la volonté, est menacé de destruction. La princesse Émeraude, pilier du monde, a été sequestrée par Zagato, et ne peut plus prier pour la paix de Céphiro.

Utilisant sa magie, la princesse Émeraude a donc appelé d'un autre monde trois personnes, qui devront devenir les légendaires Magic Knight Rayearth et sauver le monde de la destruction...