Gon Freecks a douze ans, et son rêve est de devenir hunter (chasseur en anglais). Les hunters sont des aventuriers d'élite qui peuvent être chasseurs de prime, chefs-cuisinier, archéologues, zoologues, justiciers ou consultants dans divers domaines. Son père, Jin Freecks, qu'il ne connaît pas directement, est l'un des plus grands hunters de son temps. C'est aussi pour le retrouver que Gon veut devenir hunter.

Cependant l'examen de hunter, qui a lieu chaque année, est extrêmement difficile et périlleux. On dit qu'un candidat sur 10 000 arrive sur le lieu des épreuves et qu'un seul candidat tous les trois ans devient hunter à sa première tentative. Durant les épreuves, il n'est pas rare d'être blessé, voire tué par des monstres, des pièges ou même d'autres concurrents...

Au cours de cet examen, Gon va rencontrer différents personnages, aussi bien amis qu'ennemis : Kurapika, dont le seul objectif est de venger son clan assassinée par la brigade fantôme, Léorio, dont le but avoué est d'acquérir de l'argent mais qui en réalité rêve de devenir médecin, Kirua, 12 ans, fils d'une famille de tueurs à gages, en rébellion contre sa famille et participe a cet examen juste pour le simple plaisir de s'amuser, Hisoka, dont la grande passion est le combat contre des guerriers très puissants, ainsi que beaucoup d'autres...