Kei Kurono est un lycéen de Tokyo. Un jour, alors qu'il attend son métro, avec un ami d'enfance (Masaru Katô) qu'il avait perdu de vue et qui se trouvait par hasard à la gare, il est poussé à faire un geste héroïque : sauver un sans-abri tombé sur les voies. Mais ce sauvetage ne se déroule pas parfaitement, et bientôt les vies de Kurono et de Katô vont basculer.
Ils se retrouvent dans une pièce au centre de laquelle se trouve une étrange sphère noire au nom de Gantz. Ils ne sont pas seuls dans cette salle et se poseront de nombreuses questions : Sont-ils morts ? Participent-ils à un de ces jeux télévisés à la mode plus communément appelé "Télé réalité" ? Ou bien même à une expérience top secret menée par l'armée ?
Les protagonistes ne cesseront de s'interroger sur ce lieu et auront à faire à des "missions" toutes plus dangereuses les unes que les autres...