L'histoire commence avec Iria, apprentie chasseuse de prime auprès de son grand-frère Gren, et son équipier Bob. Ensemble, ils travaillent pour la société de sécurité Ghomwak dirigée par un chasseur plutôt rustre, nommé Fujikuro.
Durant une mission de sauvetage sur un vaisseau spatial en perdition, appelé le Karma, ils découvrent qu'un monstre, apparemment indestructible appelé Zeiram, s'est libéré de la soute et a massacré l'équipage. Bob est grièvement blessé par le Zeiram alors qu'ils essayent d'évacuer les survivants et, tentant de détruire le Karma, Gren se perd dans le vaisseau. Finalement, Iria et Bob parviennent à s'échapper du vaisseau, juste avant l'explosion grâce au sacrifice de Gren.
Atterrissant sur la planète Myce, Iria se retrouve être la cible d'assassins à la solde de Tedan Tippedai, l'entreprise propriétaire du Karma. Elle découvre, alors, un complot visant à contrôler le Zeiram pour l'utiliser comme arme. Iria parvient à s'échapper avec l'aide de Fujikuro.
Ensemble, Iria, Fujikuro et Bob (qui, n'ayant pas survécu à ses blessures, a téléchargé son esprit dans un ordinateur) continuent d'enquêter sur les rumeurs indiquant que le Zeiram serait réapparu sur la planète Myce et de chercher des indices sur Gren qui aurait survécu à l'explosion du Karma...