Makoto Mizuhara est un jeune étudiant. Une nuit, alors que Katsuhiko Jinnai (le président des élèves du lycée) tente d'attirer Makoto dans un piège, ce dernier entend une voix provenant des vestiges archéologiques découverts sous le lycée. La belle Ifurita qui y dormait envoie Makoto, Katsuhiko, Nanami (la sœur de Katsuhiko) et le professeur Fujisawa dans un monde inconnu : le Monde Merveilleux d'El-Hazard. Tout ce petit monde étant séparé à leurs arrivée, sauf Makoto et Fujisawa qui passent leurs premiers instants dans ce monde à sauver la princesse Rune Venus des pattes des très bêtes Burgroms. Pour les remercier, cette dernière leur fait une offre qu'ils ne pourront pas refuser sous peine de prison : Makoto devra se travestir et jouer le rôle de la sœur de Rune Venus, la princesse Fatora avec qui il partage une ressemblance troublante, et qui a été enlevée par une tribu maléfique...